La historia se desarrolla en el futuro, donde la sociedad está dirigida por el "Sistema Fractale". En una isla, un chico llamado Clain encuentra una chica herida de nombre Phryne en un acantilado, que desaparece dejando un colgante. Clain emprende un viaje con Nessa, un avatar con forma de niña para buscar a Phryne y descubrir el secreto del Sistema Fractale.